免疫系への過剰な刺激が、病的な自己炎症や自己免疫現象をひきおこす危険性があることは、HPVワクチンの承認前から指摘されてきました。
HPVワクチンは、「Q HPVワクチンのどの成分が副反応に影響するのですか？」「Q HPVワクチンには、どのような特徴がありますか？」「Q アジュバントとはなんですか？」で説明したように、高い抗体価を長期間維持するため、強力かつ持続的な刺激を免疫系に与えているので、病的な自己炎症や自己免疫現象をひきおこす危険性があります。
実際、日本の承認審査においても、HPVワクチンが自己免疫疾患を引き起こす可能性について注意を払うべきとされていました。